يعتبر القسم الداخلي أحد الأقسام الرئيسية التابعة للمعهد ويقوم بدوره على أكمل وجه وحسب الخطة السنوية المعدة له من حيث الدراسة واستقبال الطلبة وهو المنبر المضيء للمعهد من حيث دور المعهد في العلم الشرعي وذلك من خلال استقبال أبناء المجتمع الذين يرغبون في الدراسة في هــذا المعهد وتطوير علمهم الديني والشرعي. وحسب الخطة الموضوعة للعــام الدراسي والعدد المستهدف للطلبة المسكنين داخل القسم. كما يقوم القســــم الداخلي بدورة في استقبال الطلبة من جميع مناطق ومدن ليبيا الحبيبة الذين يتم تمكينهــم وتسجيلهــم من قبل ادارة المعهد. حيث يقـوم القســم الداخلــي بتجهيز أماكن الايواء للطلبة على النحو التالي.

1-  توجد غرف مجهزة بالكامل للإيواء وحسب الخطة الموضوعة

2-  مجهز بكاميرات مراقبة

3-  مجهز بالكامل من حيث دورات المياه

4-  مجهز بمطبخ وصالة اكل للطلبة

5-  مجهز بطاقم وظيفي مختصين بالغفارة على دوام 24 ساعة

6-  مجهز بطاقم من الموظفين المختصين بالإشراف على الطلبة على مدار24 ساعة بالعمل التناوبي

7- توفير بعض الاحتياجات الأساسية كـ التموين الجاف 

هناك بعض الملاحظات يجب أخذها بعين الاعتبار وهي:

1-  لا يقبل الطالب بالقسم الا بعد التسجيل بالإدارة الرئيسية بالمعهد ومستوفي الشروط

2-على الطالب ملء استبيان القبول و الموافقة على اللوائح والتنظيمات التابعة للقسم

2-  لا يقبل الطلبة الذين يقطنون بالمناطق المجاورة للمعهد حيث يجب لا تقل المسافة من 100 كم عن المعهد

3-  يستقبل المعهد والقسم جميع الطلبة الراغبين بالدراسة فيه من جميع المناطق والمدن الليبية بدون استثناء بعد تمكينهم وتسجيلهم من إدارة المعهد وحسب العدد المستهدف الذي يحدد سنوياً 

4-  هناك لوائح ونظم متبعة داخل القسم لتنظيم عمل التسكين وملزمة للطلبة المسكنين

5- لا يقبل الطالب حتى يقوم بتوفير شهادة صحية من المؤسسات العامة (المختبر الطبي المرجعي و المركز الوطني لمكافحة الأمراض(الدرن )

5-  يراعى القسم ظروف كل الطلبة وتذليل كل الصعاب التي تواجههم وحسب الامكانيات.